1903年3月1日，已经沉寂多年的上海徐家汇观象台旧址突然热闹起来，还时不时传出朗朗读书声。原来，从这天起，一所名为“震旦学院”的私立学校在这幢八开间的二层楼房里安家落户了。

    1902年11月的一天，南洋公学（上海交通大学前身）文科教习郭镇瀛因五班教室内的一只空墨水瓶，迁怒于学生。后几经波折，校方竟宣布开除五班全体学生。此事引起轩然大波，200余名学生和总教习蔡元培愤然离校，这便是轰动一时的“墨水瓶事件”。该事件与日后马相伯创办震旦学院，实现“启发民智，教育救国”的理想具有密不可分的关联。

    震旦学院的创始人兼首任院长是我国近代著名教育家马相伯（1840.4.17-1939.11.4）。这位笃信天主教的爱国人士不仅学贯中西，还有一颗赤诚的爱国心。从南洋公学退学的大部分学生在中国教育会的帮助下组成了爱国学社，另有20多名学生在蔡元培的引荐下向马相伯求助。是时，适逢马相伯正在筹划办学事宜。他爽快地接收了这批学生，向天主教会租用徐家汇观象台的旧屋作为校舍，并聘请了几位法国籍神父任教。如此一来，一座新式学校便宣告诞生了。马相伯还给学校起了个响亮的名字——震旦学院。“震旦”一词出自梵文，意即中国，在英语中，亦有黎明、曙光的含义。由此可见，马相伯将震旦学院喻作旭日东升，担负着以教育开启中国曙光的重任，必将前途无量。

    震旦学院成立后，马相伯任监院（即院长），学校以“广延通儒，培养译才”为宗旨，学制为两年，专业分为文学、质学（科学）两类，没过多久又发展为文学、致知（哲学）、象数（数学）、形性（理科）四大学科。梁启超获知此事后，欣然写道：“今乃始见我祖国得一完备有条理之私立学校，吾欲狂喜。”

    诚如梁启超所言，震旦学院在管理上不仅“完备有条理”，更不乏独到之处。一方面，震旦学院实行“学生自治制”，校务由学生推选干事自行管理；另一方面，校方提倡“学生自由研究之风”，即倡导学术民主、思想自由，并采用“挈举纲领，开示门径”的启发式教学方法，注重文艺、崇尚科学、不谈教理更是马相伯一再强调的办学方针。

    在马相伯的运筹帷幄之下，震旦学院的教学、教务活动均安排得井井有条。为引导热血青年学习科学文化知识，报效国家，他振臂高呼：“欲革命救国，必自研究近代科学始；欲研究近代科学，必自通其语言文字始。有欲通外国语言文字，以研究近代科学而为科学救国准备者，请归我。”不出一年的光景，震旦学院的学生数量就翻了数倍，增至132人。

    热衷教育救国的马相伯对革命也非常支持。1904年夏，震旦学院来了个名叫“刘学裕”的新生。此人虽其貌不扬，却大有来头。他就是因刊印《半哭半笑楼诗草》，讥讽时政而被清廷通缉的“要犯”于右任。于右任“潜逃”至上海后无处安身，马相伯得知后立刻将这名心系国家社稷的青年学子破格录取，免去他所有的学膳费，还特意让于右任易名“刘学裕”以避人耳目。马相伯的一系列教学主张和做法虽深得青年学子的推崇，却遭到天主教会方面的不满和反对。1905年，天主教会趁马相伯生病休养之机，派法国传教士南从周担任震旦学院的教务长，名为协助马相伯打理校务，实则为了加强对震旦学院的控制。 这位金发碧眼的法国传教士刚到震旦学院便改弦更张，取消孔子诞辰假期，强迫学生接受宗教课程，颂唱圣歌，早晚祷告、做礼拜，还“尽废旧章，别定规则”，不许学生谈论时事，不许结社，不许阅读进步书刊等，就连学生出入校门、会客之类的个人自由，也被横加限制。南从周的“倒行逆施”引发了震旦学子们的公愤，大批学生相继退学，以示抗议。学生集体离校时，甚至摘下了震旦学院的校牌。马相伯此时虽在病中，但对学校发生的一切早就有所耳闻。他和进步学生一起，毅然宣布脱离震旦学院，与众生一同挥泪离开了徐家汇的校舍。但马相伯认为，震旦学院的精神不能磨灭。为了同教会抗争到底，他决定再办一所新校，这个想法立即得到学生们的一致响应。那取个什么校名为好呢？就在几种意见相持不下时，于右任提出了一个折中的办法，建议取名“复旦”。一者，“复旦”二字出自《尚书大传·虞夏传》中的名句“日月光华，旦复旦兮”，意在自强不息；另者，“复旦”还有不忘震旦之旧，更含复兴中华之意。马相伯听后，立刻表示赞许。然后，他诚邀热心教育事业的严复、张謇、熊希龄等28人担任校董，筹集复旦建校资金。两江总督周馥也拨出官银一万两，并出借吴淞提督衙门作为复旦的临时校舍。1905年5月27日，复旦公学（复旦大学前身）正式开学，马相伯任校长，严复为总教习。